漢族人群RAGE基因和APE1基因多態(tài)性與肺癌易感性的關(guān)聯(lián)研究.pdf

1、在我國肺癌已成為惡性腫瘤致死的主要原因之一，是嚴重危害公眾健康的主要疾病。為了揭示肺癌發(fā)生的遺傳基礎(chǔ)，近年來開展了大量關(guān)于肺癌相關(guān)基因的研究工作，包括肺癌易感基因多態(tài)性的單位點分析到全基因組掃描分析。然而迄今為止，還沒有找到一個能夠在多種族人群中得到驗證的肺癌易感基因或基因突變，究其原因可能是在以往的研究中沒有充分考慮到基因-基因間的交互作用，而基因之間交互作用在復(fù)雜疾病的發(fā)病過程中的重要性已逐步被人們認識。為了進一步揭示肺癌發(fā)生的遺傳

2、基礎(chǔ)，本文以RAGE和APE1兩個候選基因為研究對象，探索兩個基因的5個常見的單核苷酸多態(tài)性(SNP)與肺癌易感性之間的關(guān)聯(lián)，以及兩個基因間的交互作用與肺癌易感性之間的關(guān)系。
　　本文選取漢族人群中819例肺癌患者和803例健康對照者作為研究樣本，外周血提取基因組DNA，采用PCR-LDR技術(shù)對1622個樣本RAGE基因和APE1基因的5個常見SNP(rs1800625、rs1800624、rs2070600、rs1760944和

3、rs1130409)進行基因分型。實驗數(shù)據(jù)采用R軟件和多元簡約法(MDR)分析，統(tǒng)計效能采用PS軟件完成，連續(xù)型變量的兩組間的比較采用非配對t檢驗，分類型變量的兩組間比較采用x2檢驗，采用擬合優(yōu)度的方法校驗Hardy-Weinberg平衡。采用Logistic回歸模型分別在加性、顯性和隱性遺傳模式下對RAGE基因和APE1基因5個SNP評估肺癌易感性風險值，計算比值比及其95％可信區(qū)間評估各基因型與肺癌發(fā)病風險的關(guān)系，統(tǒng)計學(xué)意義設(shè)定為P

4、＜0.05。單倍型頻率及其風險預(yù)測采用Haplotype.stats程序完成，具體haplo.em程序用于計算單倍型頻率，haplo.cc和haplo.glm程序基于一般線性模型計算比值比及其95％可信區(qū)間。肺癌組和對照組間的基因單倍型頻率的差異通過校正P值計算，校正統(tǒng)計量是基于隨機排列性狀和協(xié)變量并計算單倍型的分值。haplo.stats程序包含haplo.em、haplo.cc和haplo.glm?；?基因間交互作用通過MDR軟件

5、分析。
　　經(jīng)研究發(fā)現(xiàn)病例組與對照組間在年齡、性別及家族腫瘤史分布的差異經(jīng)檢驗無統(tǒng)計學(xué)意義(P＞0.05)，即兩組在年齡、性別及家族腫瘤史的分布上是均衡可比，吸煙者、飲酒者及患有慢性阻塞性肺病史的比例在肺癌組中顯著增高(P＜0.0005)。對病例組和對照組間進行SNP單位點分析、單倍型分析及RAGE基因和APE1基因間交互作用分析。在加性、隱性和顯性遺傳模式下，分別對5個常見SNP的基因型分布和等位基因頻率與肺癌易感性間的關(guān)系進行

6、分析。經(jīng)檢驗，病例組和對照組中所有研究位點的基因型分布符合Hardy-weinberg定律。RAGE基因的rs1800625(Pgenotype＜0.0005;Pallele＜0.0005)、rs2070600(Pgenotype=0.005; Panele=0.004)和APE1基因rs1130409(Pgenotype=0.009;Pall。l。=0.004)的基因型分布和等位基因頻率在病例組和對照組間有顯著差異，具有顯著的統(tǒng)計學(xué)能

7、效，分別為94.2％，81.6％和81.3％。在不同的遺傳模型下，rs1800625和rs1130409與肺癌的易感性顯著相關(guān)，尤其在隱性模型下，獨立于混雜因素，對于rs2070600，僅在加性和隱性模型下具有統(tǒng)計學(xué)意義;對RAGE基因和APE1基因進行單倍型分析發(fā)現(xiàn)T-T-G(RAGE基因按照rs1800625-rs1800624-rs2070600順序，Psim=0.315)和G-G(APE1基因按照rs1760944-rs1130

8、409順序，Psim=0.084)是最常見的單倍型，其單倍型頻率在病例組和對照組間的差異沒有統(tǒng)計學(xué)意義。與對照組相比，RAGE基因單倍型C-A-A的頻率在肺癌組中顯著增高，在未校正混雜因素條件下，該單倍型的肺癌風險值為2.1(95％可信區(qū)間;1.52～2.91)，校正混雜因素后的風險值為2.15(95％可信區(qū)間;1.55～2.97)。APE1基因的單倍型頻率在兩組間差異無統(tǒng)計學(xué)意義;采用多元簡約法(MDR)分析RAGE基因-APE1基因

9、間交互作用，對5個研究位點進行交互作用分析每個最優(yōu)模型均檢測校驗精度和交叉驗證一致性，并通過置換檢驗對顯著水平進行檢測。經(jīng)檢驗得到的最佳模型為rs2070600*rs1130409，這個模型有最大的檢驗精度65.63％和最大的交叉驗證一致性，且有統(tǒng)計學(xué)意義(P=0.006)。
　　本研究以1622例漢族人群為樣本，對RAGE和APE1兩個候選基因的5個常見SNP與肺癌易感性進行關(guān)聯(lián)性研究，首次探索RAGE基因和APE1基因的交互作