皖東牛白細(xì)胞GPR54差異表達(dá)與相關(guān)基因轉(zhuǎn)錄水平關(guān)聯(lián)性研究.pdf

1、GPR54基因變異會影響牛初情期啟動，本研究采集皖東牛（22頭）血液樣品，提取皖東牛血液白細(xì)胞總RNA，通過對樣本牛血液GPR54調(diào)控區(qū)SNPs檢測，多態(tài)片段基因型鑒定，通過實時熒光定量PCR分析不同基因型GPR54表達(dá)水平，采用RNA-Seq技術(shù)分析不同基因型牛GPR54與初情期相關(guān)基因轉(zhuǎn)錄水平及信號通路之關(guān)聯(lián)性。結(jié)果表明:
　　1.檢測出皖東牛GPR54基因啟動子區(qū)SNPs，獲得2個位點，基因型組合分別為CCTT（A組）、CT

2、TC（B組）和TTCC(C組)。
　　2.不同基因型牛的GPR54基因表達(dá)水平顯示為CCTT＞CTTC＞TTCC。CTTC型GPR54基因表達(dá)水平介于兩個純合型之間。
　　3.由RNA-seq技術(shù)共測了8個樣品，平均產(chǎn)生了24136079條原始reads，clean reads平均數(shù)目為23739830。與參考基因和參考基因組比對，得出clean reads的平均比對率為分別是59.97％和91.22％。
　　4.通過

3、RNA-seq檢測，A（CCTT型）組和B組（CTTC型）共測得差異基因16719個，其中上調(diào)基因6778個，下調(diào)基因9920個。通過對差異基因篩選結(jié)果進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)大量與初情期啟動相關(guān)的基因。如對青春期啟動具有抑制作用的GABA、NPY;興奮性因素有膠質(zhì)細(xì)胞分泌的TGF和IGF，以及GPR54/Kiss-1;另外還有雌激素受體基因(ER)和性激素結(jié)核球蛋白基因(SHBG)都與初情期啟動相關(guān)。
　　5.通過對差異基因Pathway