基于多標(biāo)簽直推學(xué)習(xí)的抗菌肽功能預(yù)測(cè).pdf

1、抗菌肽是廣泛存在于生物體內(nèi)的一類具有廣譜抗菌作用的天然多肽，因其不易導(dǎo)致細(xì)菌耐藥性，現(xiàn)已成為醫(yī)藥界開(kāi)發(fā)新型抗菌制劑的主要選擇，因此識(shí)別出更多的抗菌肽并預(yù)測(cè)其單種或多種抗菌功能具有重要意義。在抗菌肽的識(shí)別和功能預(yù)測(cè)中，基于機(jī)器學(xué)習(xí)的方法因其高精度、低成本、高可行性及高可靠性等優(yōu)點(diǎn)，被越來(lái)越多的應(yīng)用于抗菌肽的識(shí)別和其抗菌功能的預(yù)測(cè)中，但目前已有的方法還不能同時(shí)進(jìn)行抗菌肽的識(shí)別和其抗菌功能的預(yù)測(cè)，計(jì)算精度仍有提高的空間。
　　本研究主要

2、內(nèi)容包括：⑴提出一種基于單個(gè)優(yōu)化問(wèn)題的多標(biāo)簽分類方法，該方法不僅能夠識(shí)別多肽是否為抗菌肽，還能同時(shí)預(yù)測(cè)出抗菌肽所具有的抗細(xì)菌功能、抗真菌功能、抗腫瘤細(xì)胞功能、抗病毒功能和抗HIV功能等單種或多種抗菌功能；⑵針對(duì)抗菌肽功能預(yù)測(cè)問(wèn)題中有標(biāo)簽樣本較少、無(wú)標(biāo)簽樣本較多且蘊(yùn)含大量信息的特點(diǎn)，提出基于圖的直推預(yù)測(cè)模型，通過(guò)對(duì)有標(biāo)簽訓(xùn)練樣本和無(wú)標(biāo)簽待測(cè)樣本的共同學(xué)習(xí)來(lái)提升預(yù)測(cè)性能，并且在利用直推學(xué)習(xí)方法構(gòu)建近鄰圖時(shí)，在對(duì)各樣本局部關(guān)聯(lián)關(guān)系計(jì)算時(shí)對(duì)各抗

3、菌功能類別加以了不同權(quán)重，將不同類別對(duì)預(yù)測(cè)方法的貢獻(xiàn)度區(qū)分開(kāi)來(lái)；⑶為了更好的驗(yàn)證預(yù)測(cè)方法的泛化性，除了整理利用發(fā)表過(guò)的數(shù)據(jù)集外，還結(jié)合新公布的APD（Antimicrobial Peptide Database）中的抗菌肽序列以及UniProt（Universal Protein）數(shù)據(jù)庫(kù)中的非抗菌肽序列構(gòu)建了新的與訓(xùn)練集序列同源性較低的測(cè)試集來(lái)對(duì)預(yù)測(cè)方法進(jìn)行實(shí)驗(yàn)；采用 K-Spaced氨基酸對(duì)組成方法（Composition of K-