LncRNA-Scrt2的鑒定及表達(dá)譜分析.pdf

1、LncRNAs是近年來發(fā)現(xiàn)的一類在生物體中普遍存在的，對(duì)生物體生長發(fā)育有重要調(diào)控作用的RNA分子，其不具有翻譯成蛋白質(zhì)的功能，以RNA分子的形式參與基因表達(dá)調(diào)控。隨著高通量測序技術(shù)的不斷進(jìn)步，越來越多的LncRNAs被發(fā)現(xiàn)，但其功能注釋還有待進(jìn)一步研究。
　　利用已有的RNA-Seq數(shù)據(jù)，預(yù)測得到了一個(gè)位于小鼠2號(hào)染色體上，在小鼠胚胎腦中特異表達(dá)的LncRNA-Scrt2。半定量驗(yàn)證LncRNA-Scrt2確實(shí)在小鼠胚胎E15.5

2、天的腦中表達(dá)。利用3’和5’RACE擴(kuò)增得到了LncRNA-Scrt2長度為1582bp的轉(zhuǎn)錄本序列。隨后利用獲得的基因序列對(duì)預(yù)測的LncRNA-Scrt2進(jìn)行進(jìn)一步LncRNA的證明，利用ORF Finder查找轉(zhuǎn)錄本中ORF的長度，所有ORF都小于300bp，說明LncRNA-Scrt2不具有編碼能力；利用細(xì)胞RNAFish定位LncRNA-Scrt2表達(dá)位置，其表達(dá)在F9細(xì)胞的細(xì)胞核中，從基因表達(dá)方式角度說明LncRNA-Scrt

3、2是LncRNA。
　　隨后，對(duì)LncRNA-Scrt2在小鼠胚胎發(fā)育過程中表達(dá)譜進(jìn)行了研究。定量PCR的結(jié)果顯示，LncRNA-Scrt2在小鼠胚胎E12.5天到E18.5天的腦中存在表達(dá)的動(dòng)態(tài)變化，并且在E15.5天表達(dá)最高。原位雜交的結(jié)果顯示LncRNA-Scrt2在E10.5天、E12.5天、E15.5天的胚胎中都特異性表達(dá)在腦組織中，并且隨著發(fā)育的進(jìn)行，腦中的表達(dá)位置也發(fā)生變化。進(jìn)一步觀察E15.5天腦中表達(dá)位置，發(fā)現(xiàn)L

4、ncRNA-Scrt2表達(dá)主要集中在前腦的腦室區(qū)和腦室亞區(qū)，并且從內(nèi)層到外層表達(dá)依次降低。
　　綜上所述，本研究發(fā)現(xiàn)了一個(gè)與小鼠胚胎腦發(fā)育相關(guān)的新的LncRNA-Scrt2，獲得了其轉(zhuǎn)錄本的序列，并對(duì)轉(zhuǎn)錄本序列進(jìn)行分析證明其確實(shí)是一個(gè)LncRNA。通過小鼠胚胎發(fā)育階段表達(dá)譜分析證明了其特異性表達(dá)在小鼠胚胎的腦組織中，并且表達(dá)存在規(guī)律性變化。本研究加深了對(duì)腦中LncRNAs的認(rèn)識(shí)，同時(shí)為LncRNA-Scrt2進(jìn)一步的功能研究提供了