溶藻弧菌誘導(dǎo)凡納濱對蝦差減文庫的構(gòu)建及其表達(dá)序列標(biāo)簽分析.pdf

1、抑制性差減雜交是一個產(chǎn)生差異表達(dá)或組織特異性cDNA探針及文庫的高效率的新方法，適用于疾病、發(fā)育、組織特異性和其它差異表達(dá)基因的克隆研究。本研究按照Clontech公司PCR-SelectTM cDNA差減雜交試劑盒的說明，建立了基于PCR方法的凡納濱對蝦的差減雜交文庫，用來篩選免疫刺激后表達(dá)的免疫相關(guān)基因。首先分別提取正常凡納濱對蝦和免疫刺激后對蝦血細(xì)胞mRNA，合成雙鏈cDNA，分別稱為driver cDNA和tester cDNA

2、。兩種雙鏈cDNA同時用Rsa I酶切，然后把testercDNA稀釋后在同樣的反應(yīng)條件下分別與接頭1(Adaptor 1)和接頭2R(Adaptor 2R)連接，driver cDNA不加接頭。接下來是兩次雜交反應(yīng)，在第二次雜交反應(yīng)中，只有均化和消減后的單鏈tester cDNA能夠重新雜交，形成新的5'端有不同接頭序列的雜交體。這兩種接頭序列使接下來在用巢式PCR引物1和巢式PCR引物2R兩種引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增時，差減和均化后的雜交

3、體得到優(yōu)先擴(kuò)增。第二次PCR的產(chǎn)物與pMD18-T載體連接，轉(zhuǎn)入DH5α細(xì)胞。通過對600個隨機(jī)篩選的克隆的測序，用DNAMAN 5.2.2對560條高質(zhì)量的ESTs進(jìn)行聚類，共獲得239個Unigenes(164contigs和75singletons)。ESTs與GenBank進(jìn)行BLASTx和BLASTn同源比較，得出其中33.1％為未知功能基因，66.9％為已知功能基因，GO分類將其分為7類，包括能量和基礎(chǔ)代謝類相關(guān)的基因?yàn)榈谝?/p>

4、大類占36％，免疫相關(guān)基因占15％，其他基因占8％，信號轉(zhuǎn)導(dǎo)類占3％，抗氧化酶和凋亡相關(guān)蛋白均為2％，核蛋白類占1％。與免疫功能相關(guān)的表達(dá)序列標(biāo)簽(ESTs)主要有溶菌酶、甲殼酶、α2巨球蛋白、粘蛋白、分子伴侶(熱休克蛋白70/101，Clp B蛋白酶)、轉(zhuǎn)錄延伸因子1α、轉(zhuǎn)錄延伸因子3、轉(zhuǎn)谷氨酰胺酶、磷酸激酶、核糖體蛋白、細(xì)胞自溶調(diào)節(jié)子、糖酵解和氧化呼吸有關(guān)的基因(丙酮酸脫氫酶，磷酸葡萄糖異構(gòu)酶、細(xì)胞色素c氧化酶、氧化酶多肽和NADH