Ⅰ型鴨肝炎病毒VFY株與NFY株基因全序列測定及分析.pdf

1、Ⅰ型鴨病毒性肝炎是由Ⅰ型鴨病毒性肝炎病毒(duck hepatitis virus serotypeⅠ，DHV-Ⅰ)引起的雛鴨的一種急性高度致死性傳染病，主要侵害3周齡以內(nèi)的雛鴨，特別是不足1周齡的雛鴨最易感染，死亡率可達90％以上，是危害養(yǎng)鴨業(yè)最為嚴重的傳染病之一。1945年在美國首次發(fā)現(xiàn)該病，我國于1963年在上海首次報道了該病的臨床病例，并于1980年首次分離到病毒。至今，全國各養(yǎng)鴨地區(qū)均有不同程度的發(fā)生和流行。因此，對該病及病原

2、進行研究具有重要的意義。 本試驗以實驗室保存的Ⅰ型鴨病毒性肝炎病毒福建地區(qū)分離毒株為研究材料，開展病毒全基因序列的克隆測序、序列分析、生物學特性預(yù)測等幾個方面的研究。 1.根據(jù)GenBank中Ⅰ型鴨病毒性肝炎病毒的基因序列，設(shè)計合成了8對特異性引物，以實驗室分離鑒定并保存的兩株福州地區(qū)分離的Ⅰ型鴨病毒性肝炎病毒VFY株和NFY株的核酸為模板進行RT-PCR擴增，得到預(yù)期大小的目的片段，對其進行剪切和拼接，進而得到完整的病

3、毒基因組序列。 2.對DHV-Ⅰ全基因序列開放閱讀框(ORF)編碼的多聚蛋白的功能性位點、二級結(jié)構(gòu)進行了預(yù)測和分析。對功能性位點的預(yù)測結(jié)果表明，該多聚蛋白多肽鏈上有11個N-糖基化位點、26個蛋白激酶C磷酸化位點、38個酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位點、32個N-?；稽c、4個依賴cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位點及2個酪氨酸激酶磷酸化位點。二級結(jié)構(gòu)預(yù)測表明，該多聚蛋白多肽鏈含27.70％的α螺旋結(jié)構(gòu)，23.39％的β折疊結(jié)構(gòu)，48

4、.91％的Loop或其他結(jié)構(gòu)；含有兩個跨膜區(qū)域，分別位于第1066-1083位和1556-1573位。 3.對DHV-Ⅰ基因測序結(jié)果分析表明：DHV-Ⅰ VFY和NFY兩株病毒基因的核苷酸序列與GDZJ株、03D株、A66株、JX株、C80株的相似性分別為97.6％/97.7％、96.9％/97.0％、95.4％/95.4％、95.3％/95.4％、95.4％/95.596；氨基酸相似性分別為98.4％/98.4％、98.2％/

5、98.2％、97.5％/97.5％、97.5％/97.5％、97.6％/97.6％。VFY和NFY兩株病毒基因的核苷酸序列與氨基酸序列的相似性分別為99.5％和98.9％?；蜻M化樹分析可知VFY和NFY株處于同一分支，親緣關(guān)系最近；VFY株及NFY株與GDZJ株、03D株、C80株、A66株、JX株親緣關(guān)系較近，處于同一小分支內(nèi)。DHV-IVFY株和NFY株與國內(nèi)的DHV-Ⅰ各毒株基因的核苷酸和氨基酸的同源性都比較高，具有不同程度的親