MTCH2、TMEM18基因及蛋白的生物信息學(xué)分析與SNP檢測.pdf

1、本試驗采用普通PCR技術(shù)分別克隆金皮F2代MTCH2和TMEM18兩個基因的部分片段，通過直接測序?qū)δ康钠芜M行SNP檢測。同時，借助生物信息學(xué)和比較基因組學(xué)方法對MTCH2和TMEM18基因及其蛋白質(zhì)進行分析，旨在探究此兩基因在種內(nèi)及種間的遺傳分化關(guān)系，并全面了解不同物種MTCH2蛋白及TMEM18蛋白的理化性質(zhì)、結(jié)構(gòu)、功能位點等。
　　結(jié)果表明:(1)在本實驗克隆得到的MTCH2基因和TMEM18基因的部分片段，直接測序結(jié)果應(yīng)

2、用DNAStar進行分析，并未發(fā)現(xiàn)SNP;(2)21個物種51條MTCH2基因的CDS共檢測到816個多態(tài)位點、31種單倍型，不同物種間的核苷酸歧義度、凈遺傳距離和遺傳分化指數(shù)的變化范圍很大，MTCH2基因編碼區(qū)在種內(nèi)及種間均存在遺傳變異。MTCH2蛋白為親水、堿性、非分泌蛋白，在哺乳動物中表現(xiàn)出不穩(wěn)定性，且為定位于線粒體上，其二級結(jié)構(gòu)主要為α-螺旋、自由卷曲和延伸片段，含有跨膜結(jié)構(gòu)域。豬MTCH2蛋白含有2個溶質(zhì)轉(zhuǎn)運重復(fù)結(jié)構(gòu)(SOLC

3、AR);該蛋白的功能預(yù)測結(jié)果與腺苷酸轉(zhuǎn)運蛋白-1等等相似，主要進行線粒體基質(zhì)與膜間隙之間的小分子交換;(3)14個物種30條TMEM18基因的CDS共檢測到152個多態(tài)位點、14種單倍型，不同物種間的核苷酸歧義度、凈遺傳距離和遺傳分化指數(shù)的變化范圍較大，TMEM18基因編碼區(qū)在種內(nèi)及種間均存在遺傳變異。TMEM8蛋白為親水、堿性、非分泌蛋白，在多數(shù)物種中表現(xiàn)出不穩(wěn)定性，且為定位于核膜、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜上，其二級結(jié)構(gòu)主要為α-螺旋、自由卷曲和延伸

4、片段，含有跨膜結(jié)構(gòu)域。該蛋白的功能預(yù)測結(jié)果顯示豬TMEM18蛋白含有2個磷酸化位點和1個N-端?；稽c，推測其可通過酰胺鍵與其他蛋白相連，可能具有結(jié)合并轉(zhuǎn)運蛋白質(zhì)的作用;同時含有可受蛋白激酶C活化的磷酸化位點，且為跨膜蛋白，表明其可能作為細胞信號通路中的受體。同時，在該蛋白氨基酸序列C端含有豐富的親水性氨基酸:RTLQQRRGRPKQQ，可推測該蛋白C端位于細胞膜外側(cè);且含有多個可帶正電荷的極性氨基酸:Lys和Arg，提示此區(qū)可能為D