鼻咽癌候選抑瘤基因NPCEDRG表達調(diào)控的初步研究.pdf

1、中南大學(xué)博士學(xué)位論文鼻咽癌候選抑瘤基因NPCEDRG表達調(diào)控的初步研究姓名：侯德富申請學(xué)位級別：博士專業(yè)：病理學(xué)與病理生理學(xué)指導(dǎo)教師：陳主初20110422博士學(xué)位論文中文摘要度同源，說明MCNl基因是一個比較保守的基因。【生物信息學(xué)預(yù)測NPCEDRG基因表達調(diào)控元件】利用多種生物信息學(xué)軟件對NPCEDRG基因5’端上游調(diào)控區(qū)3500～500bp區(qū)域進行分析。該區(qū)域存在2個CpG島，分別位于1573～960bp和一624～265bp，其

2、中624～265bp區(qū)域包含所有剪接變異體的第一外顯子及約600bp的5’末端上游調(diào)控序列，提示該區(qū)域可能為NPCEDRG基因的啟動子區(qū)域并且在基因表達過程中起重要的調(diào)控作用。NPCEDRG基因可能有多個TSS位于225bp～137bp區(qū)間，主要介于ATG上游99bp～17bp區(qū)間。Gene2promoter軟件分析TSS位于73bp和49bp處，啟動子介于624bp～75bp。PromoterInspector未預(yù)測到任何啟動子區(qū)。綜

3、合分析各軟件預(yù)測結(jié)果，初步確定NPCEDRG啟動子區(qū)可能介于624bp～75bp區(qū)間。選取人類MCNl基因5’末端上游調(diào)控區(qū)(625bp～250bp)875bp序列，采用MatlnspectorV22軟件和TESS軟件搜索轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點。如圖17所示，均未檢測到經(jīng)典的TATA保守序列，但包含CCAAT、SPl、腫1、AP2、STATl、cMyb、AREB6、Nkx25、ZF5、E2F1、CREBPl和RBPⅨ等重要調(diào)控元件。利用在線程

4、序ECRBrowser進行系統(tǒng)發(fā)育進化足跡分析，結(jié)果顯示在人和小鼠等6物種間在180bp～240bp區(qū)間約420bp序列高度保守，該保守區(qū)域中存在包括CCAAT，STATl和SPl／SPlQ2／SPlQ6／E2FQ2止強5／CACD等轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點。這些預(yù)測結(jié)果為進一步鑒定NPCEDRG基因的啟動子區(qū)及其調(diào)控元件，為探討其表達調(diào)控機制奠定了基礎(chǔ)?！綨PCEDRG基因在腫瘤細胞中的表達檢測及m砌蛆剪接變異體分析】利用RTPCR檢測11種

5、鼻咽癌細胞及4種其他腫瘤細胞中NPCEDRG基因總體mRNA和Af538150mRNA的表達情況，結(jié)果顯示NPCEDRG基因總mRNA表達在腿1和610B細胞中非常低，在其他細胞中表達相對較高；而AF538150mRNA在卸虹1、玎虹2、Ⅷ呃3、C6661、腿1、HONEl、58F、610B、915及A549細胞中表達非常低，而在。姬1、CNE2、NP69、MCF7、HeLa及m60細胞中其表達相對較高。利用5’RACE、3’RACE和